El e-commerce y el marketplace tienen en común que son tiendas online, sin embargo, sus formas de venta y administración son muy distintas. Las principales diferencias son las siguientes:

• Gestión: La principal diferencia es que el e-commerce es la tienda online de un único vendedor que se encarga de la gestión completa y el marketplace es una tienda online con varios vendedores con sus diferentes stocks, precios, etc.  
• Personalización: Mientras que en el e-commerce el vendedor puede modificar el diseño de su tienda online, en el marketplace se limita al vendedor ya que tiene todo estandarizado para no darle preferencia a ninguna empresa que allí se encuentre. 
• Visibilidad: La visibilidad en internet del Marketplace suele ser superior a la de un e-commerce debido a que los marketplaces suelen invertir más en publicidad y ofrecer más oferta de vendedores y productos. 

En el caso de un e-commerce se necesita más tiempo para que su marca esté posicionada en internet ya que tiene que trabajar en SEO o en SEM.

• Aparición de competencia: En un Marketplace al tener un catálogo más grande, tanto de vendedores como de productos, se tiene mayor competencia que ofrece, en muchas ocasiones, exactamente el mismo producto. Lo anterior no sucede en una e-commerce ya que la web es de un solo vendedor por lo que no hay productos repetidos. 
• Inversión inicial: Crear un e-commerce para un negocio propio tiene un coste muy pequeño en comparación a crear una tienda física. Por otro lado, vender en un marketplace existente es la opción más económica; supondrá el tiempo y esfuerzo de cargar los productos e ir gestionando los pedidos solamente. Finalmente, crear un marketplace para permitir a vendedores ofrecer sus productos supone una inversión más elevada, sólo con el propio desarrollo ya es mucho más complejo al incluir diferentes vendedores.
• Ganancias por venta: En el marketplace el propietario de la página se lleva un % de comisión por venta. Mientras que en un e-commerce el vendedor se lleva todas las ganancias, debido a que no existen intermediarios.
• Margen de beneficio: En un Marketplace el margen de beneficio suele ser menor comparado con el de un e-commerce, ya que tienes a toda tu competencia a tu lado y además el marketplace se queda con su comisión.
• El engagement: Es imposible crear engagement en un marketplace puesto que los clientes que tengas allí nunca serán tuyos verdaderamente. Si, es verdad que dejan comentarios y valoraciones que servirá para que otros te compren más, pero nunca tienes el poder de fidelización que tienes en tu propio e-commerce dónde puedes incluir prácticas de up-sells, cross-sells, promociones, newsletters, atención al cliente…